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require( "lib/zip.lib.php" ) ; // librairie ZIP
$zip = new zipfile () ; //on crée une instance zip

 //le tableau qui contient les chemin de fichiers entiers pour pouvoir les copier dans l'archive
$files = array('MonRepertoire/MonsousRepertoire/monFichier.txt','MonRepertoire/MonsousRepertoire/monFichier2.txt');    

 //le tableau qui ne contient que les nom des fichiers pour qu'ils se mettent directement a la racine
$name=array('monFichier.txt','monFichier2.txt');  

while ( count( $files ) > $i )   {

    $fo = fopen($files[$i],'r') ; //on ouvre le fichier
    $contenu = fread($fo, filesize($files[$i])) ; //on enregistre le contenu
    fclose($fo) ; //on ferme fichier

    $zip->addfile($contenu, $name[$i]) ; //on ajoute le fichier
    $i++; //on incrémente i

    }

    $archive = $zip->file() ; // on associe l'archive

    // on enregistre l'archive dans un fichier
    $open = fopen("monRepertoire/fichiers.zip" , "wb");
    fwrite($open, $archive);
    fclose($open);